La sanificazione dell’ambiente rappresenta la fase più importante nel controllo delle infestazioni da mosche. Sanificazione significa rimozione della sostanza organica utilizzata come alimento dalle larve delle mosche, e come luogo di deposizione delle uova dalle femmine. Vi sono aree in cui è più semplice attuare questa pratica, ad esempio nelle aree residenziali ove è attivo un servizio di raccolta dei rifiuti, e le mosche possono riprodursi solo in ambiti individuabili ed eliminabili. In altre situazioni l’allontanamento della sostanza organica è assai problematico, si pensi ad esempio ai grandi allevamenti industriali o ad alcune tipologie di stabilimenti dell’industria alimentare. Si consideri inoltre che una sanificazione per essere efficace nel controllo delle mosche dovrebbe prevedere la rimozione dei rifiuti organici due volte alla settimana. Inoltre i contenitori del rifiuto organico umido dovrebbero essere progettati per impedire l’entrata delle mosche al loro interno. Lotta alla mosca: Le mosche hanno la possibilità di reperire un enorme numero di luoghi idonei alla ovodeposizione ed allo sviluppo delle larve. L'elevata velocità riproduttiva consente alle mosche di sviluppare numerose generazioni, in particolare nei mesi più caldi le generazioni possono accavallarsi e nel luogo infestato si ritrovano simultaneamente uova, larve, pupe e mosche adulte. La creazione di concentrazioni produttive, in particolare raggruppamenti di allevamenti industriali, ha condotto alla concentrazione di quantità enormi di deiezioni animali il cui trattamento o smaltimento può avvenire solo in momenti ben precisi. Infine si consideri che il disinfestatore è contattato quando l’elevato sviluppo delle mosche ha già portato ad una situazione di infestazione, più o meno grave.